ANSES - Le Magazine

Cet article décrit le dispositif national de surveillance de trois groupes de phycotoxines réglementées dans les mollusques bivalves et présente le bilan de cette surveillance pour la période 2020-2022. En France, la surveillance est opérée d’une part sur les zones marines de production et, d’autre part, au stade de la distribution. Le premier volet est mis en œuvre dans le cadre du Réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX) porté par les Directions départementales interministérielles (DDi) et l’Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer) et le second dans le cadre du dispositif officiel de plans de surveillance et plans de contrôle de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) coordonné par la DGAL et les Directions Départementales (DD). La réglementation européenne, les phycotoxines recherchées et les méthodes analytiques mises en œuvre sont présentées. Les modalités et la stratégie d’échantillonnage pour chacun des deux dispositifs sont décrites. Les résultats obtenus de 2020 à 2022 sont exposés et discutés.

Le séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing - WGS) constitue une avancée majeure pour la surveillance des zoonoses d’origine alimentaire. Depuis 2020, l’Anses, en lien avec la DGAL, explore cette technologie dans une approche structurée, avec pour objectifs d’améliorer la détection des foyers, l’attribution des sources et le suivi des résistances, dans une logique One Health. Le déploiement, amorcé début 2024, cible en priorité six problématiques sanitaires d’intérêt majeur liées à la sécurité sanitaire des aliments (Salmonella, Listeria monocytogenes, Campylobacter, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, et les gènes d’antibiorésistance). Il repose sur une organisation coordonnée, un stockage centralisé des données, l’harmonisation des analyses bioinformatiques et une gouvernance interinstitutionnelle. L’adoption du Règlement (UE) 2025/179 rend obligatoire la transmission des données WGS à l’EFSA à partir d’août 2026 pour certaines bactéries pathogènes. Cette évolution implique une montée en compétence des laboratoires et leur accréditation, une standardisation des échanges de données et une priorisation stratégique des pathogènes ciblés. Le WGS s’affirme ainsi comme un outil central de la surveillance microbiologique intégrée, à forte valeur ajoutée pour la santé publique, y compris dans les domaines de la santé animale et de la santé des végétaux.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes d’origine alimentaire fréquemment impliqués dans des cas d’infections sporadiques ainsi que dans des épidémies de grande envergure, constituant ainsi un enjeu majeur en santé publique.

En France, des plans de surveillance officielle ciblant les viandes hachées de bœuf au stade de la production et de la distribution ont été mis en place depuis plusieurs années. En 2023 et 2024, ce dispositif a été étendu pour la première fois aux viandes hachées de veau. L’objectif était d’évaluer les taux de contamination de ces matrices par les souches de STEC les plus à risque identifiées en France et plus globalement, de permettre d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.

Les analyses ont révélé une faible prévalence de STEC dans les matrices analysées, avec seulement deux souches pathogènes isolées en 2023 (une dans du bœuf, une dans du veau), et aucune en 2024. Les taux de contamination restent stables par rapport aux années précédentes. Toutefois, une prévalence élevée du dépistage du gène stx dans les bouillons d’enrichissement a été observée dans les échantillons de veau en 2023. Ces résultats doivent néanmoins être interprétés avec prudence en raison du faible nombre d’échantillons testés.

Les résultats globaux de ces deux plans de surveillance confirment un risque limité d'exposition humaine par la consommation de viandes hachées, tout en soulignant la nécessité de maintenir les mesures de contrôle et de sensibiliser les consommateurs aux bonnes pratiques de cuisson.